aalto1 untyped-item.component.html
Mikro- ja nanoteknologia kudosnäytteiden leimaamiseen spatiaalista RNA-sekvensointia varten
Loading...
Files
Aalto login required (access for Aalto Staff only).
URL
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Kemiantekniikan korkeakoulu |
Bachelor's thesis
Electronic archive copy is available locally at the Harald Herlin Learning Centre. The staff of Aalto University has access to the electronic bachelor's theses by logging into Aaltodoc with their personal Aalto user ID. Read more about the availability of the bachelor's theses.
Unless otherwise stated, all rights belong to the author. You may download, display and print this publication for Your own personal use. Commercial use is prohibited.
Authors
Date
Department
Major/Subject
Mcode
CHEM3049
Degree programme
Language
fi
Pages
32
Series
Abstract
Tässä kandidaatintyössä tarkastellaan spatiaalisen transkriptomiikan tekniikoita, joilla kudosnäytteet voidaan leimata RNA-sekvensointia varten. Spatiaalinen transkriptomiikka on tällä hetkellä nopeasti kehittyvä tieteenala geenitutkimuksessa. Tekniikat mahdollistavat geenien ilmentymisen analysoinnin kudoksessa säilyttäen niiden tarkat tilalliset kontekstit. Tämä on erityisen merkityksellistä esimerkiksi syöpätutkimuksessa, jossa kasvainten heterogeeninen rakenne ja solujen välinen vuorovaikutus vaikuttaa taudin etenemiseen ja hoidon suunnitteluun.
Työssä syvennytään koko transkriptomin kattaviin spatiaalisiin RNA-sekvensointitekniikoihin, joissa RNA leimataan suoraan kudosleikkeessä. Näiden menetelmien avulla voidaan tutkia geeniekspressiota laaja-alaisesti ilman ennakkotietoa kohdegeeneistä. RNA:n leimauksessa hyödynnetään spatiaalisesti viivakoodattuja DNA-oligonukleotideja, jotka mahdollistavat RNA:n paikantamisen kudoksessa ja sekvensointitiedon kartoituksen takaisin alkuperäiseen sijaintiinsa.
Spatiaalisen transkriptomiikan teknologioiden suurimmat haasteet liittyvät spatiaaliseen resoluutioon ja RNA:n sieppaustehokkuuteen. Työ esittelee spatiaalisen transkriptomiikan alan kehityskaarta, sekä tarkastelee eri tekniikoita ja niiden etuja, haasteita ja mahdollisuuksia. Tulevaisuuden kehitys alalla keskittyy menetelmien tarkkuuden ja herkkyyden parantamiseen sekä laajempaan sovellettavuuteen kliinisessä tutkimuksessa.